คณะเภสัชศาสตร์ มหาวิทยาลัยนเรศวร ได้รับการจัดตั้ง เมื่อวันที่ 18 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2537 และเริ่มดำเนินการรับนิสิต เข้าศึกษา ในหลักสูตรเภสัชศาสตรบัณฑิต (หลักสูตร 5 ปี) ในปี พ.ศ. 2538 และ 2539 คณะเภสัชศาสตร์ ได้ปรับปรุงหลักสูตรเพื่อ ให้สอดคล้อง เภสัชศาสตรบัณฑิต (หลักสูตร 5 ปี) ในปี พ.ศ. 2538 และ 2539 คณะเภสัชศาสตร์ ได้ปรับปรุง หลักสูตร เพื่อให้สอดคล้อง กับความต้องการของวิชาชีพ

ต่อมาในปีการศึกษา 2540 เริ่มจัดการเรียนการสอนในหลักสูตรเภสัชศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาบริบาลเภสัชกรรม (หลักสูตร 6 ปี) ซึ่งเป็นการให้บริการทางเภสัชกรรมที่ยึดเอาผู้ป่วยเป็นจุดศูนย์กลางและนับเป็นหลักสูตรเภสัชศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาบริบาลเภสัชกรรมแรกในประเทศไทย โดยใช้ระยะเวลาศึกษาตลอดหลักสูตรรวม 6 ปี

ในระยะแรกคณะฯได้เริ่มดำเนินการในระบบเทียบโอนเพื่อปริญญาที่ 2 ก่อน โดยรับนิสิตที่เป็นเภสัชกรประจำแหล่งฝึกปฏิบัติการวิชาชีพเภสัชกรรมมาศึกษาต่อเป็นเวลา 2 ปี

ต่อมาในปีการศึกษา 2542 คณะฯได้เริ่มจัดการเรียนการสอนในหลักสูตรเภสัชศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาบริบาลเภสัชกรรม หลักสูตร 6 ปี โดยเริ่มรับนิสิตตั้งแต่แรกเข้าจำนวน 100 คน